Модуль истории вывожу в коде так:
Код: Выделить всё
[#module name="shoutbox" reverse="1" mobile="1"#]

Полез смотреть от куда ноги растут, благо у браузера Хром есть отличный инструмент просмотра кода элемента. Причина оказалось вот в чем:
Текст модуля истории выводится в теге
Код: Выделить всё
<div id="shoutboxContent" class="shout_content">
Код: Выделить всё
.shout_content {
font-size: inherit;
color: inherit;
}
Стоит это отключить, и вуаля, буквы сообщения снова стали черные. Теперь на них действует стиль оформления светлой темы. Черные буквы на белом фоне. Но цвет имен все равно остался прежним.

Смотрим стиль элемента:
Код: Выделить всё
b {
color: rgba(249, 229, 91, 0.9);
}

Зная куда стрелять, я теперь могу изменить это в настройке css перед выводом элемента. Приоритет у этого стиля выше, и все получается. Но я до сих пор не могу понять, чей стиль влияет на лог, и как с этим правильно бороться.