б-г его знает
возможно что то с диском, а возможно с базой данных, бывает база данных крашится из-за диска ....
а может что то другое ...
вообще-то бекапить надо, нормально бекапить
но для начала рассказать какой именно бекап делается
они рызнае, как минимум их два, первый тот что "встроен" в систему, второй тот что ставится отдельным модулем из маркета
первый я ниразу не пользовал, второй нормально работает (его предварительно настроить надо только)
PS
сам делаю бекап самодельным скриптом, бекапится сайт + база данных + нужные мне конфиги (москитто и другие)